28. siječnja 1937. odlukom nadbiskupa Antuna Bauera od dijelova župa Sv. Marka, Sv. Blaža i Sv. Antuna Padovanskog osnovana je župa Marije Pomoćnice. Za bogoslužje, kao "privremena crkva" služi kapela salezijanskog Omladinskog doma. Prva je misa služena u kapelici na polnoćku 1929., a prva proslava blagdana Marije Pomoćnice 25. svibnja 1930. Župa je "otvorena" 28. veljače 1937. u 10 sati po nadbiskupu koadjutoru dr. Alojziju Stepincu. Prvim župnikom imenovan je don Dragutin Brumec. 25.svibnja 1937. na proslavi blagdana Marije Pomoćnice, kako je zabilježio kroničar, okupilo se više od 15 tisuća vjernika.
19. svibnja 1940. bila je svečana proslava blagdana Marije Pomoćnice. Pontifikalnu svetu misu i procesiju predvodi nadbiskup Alojzije Stepinac uz redovnički i dijacezenski kler, mnoga udruženja te mnoštvom naroda načelu s tadašnjim gradonačelnikom Matom Starčevićem. Nadbiskup obećaje pomoć i najavljuje gradnju crkve.
Za nacrte crkve angažirani su arhitekti Zvonko Požgaj i Juraj Dönzler. Izgradnju i nadzor radova vodi g. Jakov Lubec. 11. listopada 1942. nadbiskup Alojzije Stepinac blagoslovio je kamen temeljac uz prisustvo papinog legata mons. Marconija.
Dimenzije crkve koja je zamišljena kao nacionalno svetište Marije Pomoćnice su 37 x 24 m i 12 m visine.
15. kolovoza 1948. crkvu je blagoslovio biskup Salis Sewis. 15.listopada 1978. nadbiskup Franjo Kuharić posvetio je crkvu, oltar i mozaik u prezbiteriju.
Poslije velike poplave izgrađen je toranj (37 m) u kojem su dva zvona koja je lijevao Viktor Šikić.
Na pročelju crkve su brončani kipovi; na vrhu Marije Pomoćnice te u nišama Krist Kralj i četiri evanđelista, rad akademskog kipara salezijanca g. Stanka Gašpareca. Kipovi su postavljeni 1958.godine. G. Stanko Gašparec izradio je i štukature na stropu crkve te oko pokrajnjih oltara.
Na zidu lijeve lađe su tri vitraja: sv. Josip, sv. Ivan Bosco i sv. Terezija te iznad ispovijedaonica dva dvodijelna vitraja: u gornjem dijelu su likovi sv. Cecilije i kralja Davida (u visini kora) te Izgubljena ovca i Povratak izgubljenog sina, neposredno iznad ispovijedaonica. u gornjem dijelu glavne lađe te u vrhu prezbiterija je 12 okruglih vitraja s alegorijama (u likovima anđela) iz litanija (umanjene kopije vitraja iz kupole bazilike Marije Pomoćnice u Torinu). Iznad prezbiterija je kupola.
Križni put izradio Ferdinand Stuflesser (St. Urlich - Austrija) u dubokom drvorezu tirolske škole. Smješten je na zidu desne lađe.
U lijevoj lađi je oltar Srca Isusova koji je izrađen po projektu Vladimira Gaješeka iz Ljubljane. Klesarske radove je izvela Udruga Šlat - Litović iz Zagreba, kovine Žunc iz Ljubljane, a oltarnu sliku je izradio slikar Oto Antonini. Oltar je posvetio 24. svibnja 1952. krčki biskup Josip Srebrenič.
U desnoj lađi je oltar sv. Josipa kojeg je također projektirao Vladimir Gajšek, radove u mramoru izvela Udruga Šlat - Litović, okvir od alabasterne sadre izradio Stanko Gašparec, a glavnu oltarnu sliku sv. Josipa, te dvije manje "Zaruke Josipa i Marije" i "Josipovo preminuće" izradio je slikar Krešo Kargačin (1897-1965). Na oltaru Sv. Josipa je Svetohranište po projektu poznatog slovenskog arhitekta Plečnika. Oltar je posvetio 24. svibnja 1952. pomoćni biskup zagrebački dr. Josip Lach.
U koru su smještene orgulje mađarske tvrtke "Riger" (15 registara) koje je dogradio 1988. godine Janez Jenko iz Ljubljane, te sad imaju 30 registara.
Cijelim prezbiterijem dominira mozaik veličine 94 m2, s motivom don Boscova sna o sretnoj plovidbi vjernika, odnosno Crkve, "morem života" između dva stupa: Euharistije i Marije na koje svetac pokazuje. Nacrt za mozaik izradio je akademski slikar Ante Starčević, koji je izradio i nacrte za uređenje cijelog prezbiterija: oltar, krstionicu, ambon i zidić-ogradu oko kipa Marije Pomoćnice. Slaganje mozaika izveli su Stanko Gašparec i prof. Stjepan Galetić, a postavio keramičar Zvonko Huzjak i Stanko Gašparec.
Uz ispovijedaonice na zidovima pokranjih lađa su još dva oltarića s mozaicima, dimenzija 6×3 m.
U lijevoj lađi je mozaik s likom Sv. Antuna Padovanskog s motivima ulomaka starohrvatske arhitekture i prikazom same crkve, a u desnoj lađi mozaik s likom sv. Dominika Savia kojemu nadbiskup Stepinac dovodi djecu i mladež. S desne strane ulaza u crkvu, u niši - apsidi (mozaik) je Pieta' - Žalosna Gospa. Kip i mozaik izradio je Stanko Gašparec. Mozaike je posvetio pomoćni biskup zagrebački dr. Đuro Kokša 31. siječnja 1981.
05. kolovoza 1930. Omladinski dom posjetio je titularni nadbiskup Verisse Feliks Guerra iz Kube i obećao poslati kip Marije Pomoćnice. U veljači 1931. kip je već bio u Zagrebu, a u svibnju je svečano postavljen na oltar u kapeli Omladinskog doma. Nakon oduzimanja Doma 1945. godine kip je prenešen u crkvu.